Trước yêu cầu và nhiệm vụ mới của cách mạng, ngày 20/6/1946, Hội nghị Cán bộ công đoàn cứu quốc toàn quốc đã quyết định đổi tên“Hội công nhân cứu quốc” thành “Công đoàn” và thành lập Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam do đồng chí Trần Danh Tuyên làm Tổng thư ký.

 Kháng chiến toàn quốc bùng nổ, công đoàn các cấp đã động viên công nhân tham gia chiến đấu, vận động công nhân di chuyển hàng vạn tấn máy móc, thiết bị, nguyên vật liệu ra vùng căn cứ để xây dựng cơ sở sản xuất, phục vụ kháng chiến lâu dài. Đến cuối năm 1947, ngành công nghiệp  quốc phòng đã xây dựng được 57 cơ sở sản xuất mới, chủ yếu là xưởng sản xuất, sửa chữa vũ khí.

Vấn đề củng cố và phát triển Công đoàn được gắn chặt  với nhiệm vụ sản xuất và chiến đấu ổn định đời sống của công nhân. Tính đến năm 1950, TLĐLĐ Việt Nam đã có 241.720 đoàn viên. Trong đó số đoàn viên công đoàn ở vùng tự do là 194.000 người.

Dưới sự lãnh đạo của Đảng, Công đoàn Việt Nam tập hợp, đoàn kết rộng rãi CNLĐ trong cả nước cùng toàn dân đấu tranh xây dựng, bảo vệ chính quyền nhân dân, bảo vệ nền độc lập dân tộc, bảo vệ quyền và lợi ích của người lao động.

Từ ngày 1/1/1950 đến ngày 15/1/1950, tại chiến khu Việt Bắc, Đại hội lần thứ I Công đoàn Việt Nam đã họp và đề ra nhiệm vụ mới của giai cấp công nhân và Công đoàn trong  kháng chiến. Đại hội đã bầu đồng chí Hoàng Quốc Việt, ủy viên Thường vụ Trung ương Đảng làm Chủ tịch, đồng chí Trần Danh Tuyên được bầu làm Tổng thư kí Tổng LĐLĐ Việt Nam. 

Sau đại hội, phong trào công nhân và hoạt động công đoàn ở vùng tự do có nhiều chuyển biến. Phong trào “ Thi đua sản xuất, thi đua xây dựng” ,” Cải tiến kĩ thuật, phát huy sáng kiến, trau dồi nghề nghiệp”… phát triển sâu rộng. Công nhân các nhà máy, công xưởng đã sản xuất ra nhiều vũ khí, khí tài phục vụ chiến đấu. Song song với việc đẩy mạnh phong trào thi đua sản xuất, chiến đấu, công đoàn đặc biệt coi trọng công tác giáo dục, bồi dưỡng nâng cao trình độ văn hoá và nghề nghiệp, ý thức giai cấp cho công nhân, bước đầu tổ chức thực hiện chế độ công nhân tham gia quản lý sản xuất, quản lý lao động, thực hiện dân chủ hoá trong quá trình sản xuất.

Trong vùng địch tạm chiến, đa số công nhân, lao động vẫn tìm mọi cách tham gia các hoạt động ủng hộ kháng chiến. Tổ chức công đoàn ở các nhà máy, đồn điền, hầm mỏ được giữ vững; đã tranh thủ vận dụng mọi hình thức tổ chức và đấu tranh để tuyên truyền, giác ngộ công nhân; đẩy mạnh phong trào phá hoại kinh tế địch; đấu tranh chống âm mưu kéo dài và mở rộng chiến tranh của địch; chống địch phá hoại và di chuyển máy móc, tạo thuận lợi cho việc tiếp quản các thành phố, thị xã sau giải phóng.

Từ năm 1951, Công đoàn Việt Nam đã đẩy mạnh các hoạt động quốc tế nhằm tranh thủ sự giúp đỡ, ủng hộ to lớn của giai cấp công nhân và công đoàn các nước anh em và bầu bạn khắp năm châu, góp phần vào thắng lợi của cuộc kháng chiến chính nghĩa của nhân dân ta.